Địa bàn xã Yên Dương hiện nay trước đây vốn là hai xã Hà Yên và Hà Dương.

Trước khi sáp nhập, xã Hà Yên có diện tích 3,45 km², dân số là 3.328 người, mật độ dân số đạt 965 người/km². Xã Hà Dương có diện tích 4,89 km², dân số là 3.187 người, mật độ dân số đạt 652 người/km².

Ngày 16 tháng 10 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 786/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Thanh Hóa (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 12 năm 2019)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của hai xã Hà Yên và Hà Dương thành xã Yên Dương.